随着农业的迅速发展，越来越多的氮和磷进入水生生态系统，加剧了河道、湖泊、河口和近海的富营养化，导致藻类的大量滋生和水华的形成 。20世纪60年代，人类意识到了这一全球性的环境问题，起头采取措降低排入水体的营养物质含量，以改善水质并节造水华 。由于降低寥伺放比降低氮排放的措施更有效，加之近几十年来氮肥用量已逐步超过磷肥，导致很多湖泊、河道和沿海水域的氮磷比不休上升 。氮含量和氮磷比的提高可能会扭转蓝藻水华的物种组成，出格是固氮蓝藻的削减和非固氮蓝藻(微囊藻、浮丝藻等)的增长 。曾产生在伊利湖的事务证明，由于微囊藻毒素富含氮元素，水中较高的氮浓度会推进这种毒素的产生 。
二氧化碳浓度上升
水中溶化的二氧化碳浓度很难与大气中的二氧化碳的分压平衡，出格是在水华通过光合作用亏损掉大量溶化二氧化碳的情况下 。蓝藻已进化出美满的的碳浓缩机造，蕴含几种CO2和碳酸氢盐摄取系统 。
大气中二氧化碳浓度的升高而水中溶化的CO2浓度较低，在空气—水界面上形成巨大的浓度梯度，有利于空气中的二氧化碳溶入水体，而后被栖于水面的水华用于自身的增殖 。数学模型和尝试室尝试一致注明，大气中二氧化碳浓度的升高可能会使富营养化的水域中的蓝藻水华持续恶化 。
全球气象变暖
高温能够多种方式推进蓝藻水华的成长 。很多能形成水华的蓝藻在相对较高的温度下达到最大成长速度，通常高于25°C 。此表，与真核浮游植物相比，蓝藻的成长速度随着温度的上升而增长的幅度更大 。水温升高也导致水体的分层更不变，极少在垂直方向产生水流的混合 。这种情景为蓝藻漂浮提供了梦想的前提，使它们能够在水面获得充足的光线 。
营养前提和湖泊状态分歧，温度产生的影响也分歧 。在湖水较浅且富营养化水平较高的湖泊中，营养物质和温度对蓝藻成长拥有协同作用 。也就是说，未来气象变暖，为了抑造蓝藻水华的成长可能必要进一步削减营养物质 。然而，在湖水很深、营养物质比力贫乏的湖泊中，热分层景象不利于营养物质从底层流入表表层，反而会抑造蓝藻的成长 。
气象变动还有如下预期景象：随着降雨量的增长，热带气旋、夏季雷暴等风暴气象会越发极端;干旱水平加剧，持续功夫耽搁 。大型风暴和强降雨冲刷粉碎水体分层景象，临时性地抑造蓝藻水华的形成 。然而，强降雨也会导致泥土营养流失，从而加剧下游水域的富营养化 。若是强降雨事务之后是夏季持久的干旱，水体持久处于富营养化状态，则为蓝藻水华的发作提供了极度有利的前提 。
水华的预防和节造
人们目前已经钻研出一些预防或节造蓝藻水华的步骤，例如降低营养物质浓度、扭转水力前提、进行生化治理等 。每种步骤都在某些湖泊的水华治理中获得了成功，但并不能保障这些步骤在所有水华事务中都能见效 。
营养物节造
削减表部营养物质流入能够从底子上解决问题 。营养物质可通过大领域传染或点源传染进入湖泊和沿海水域，因而，降低营养物质排放必要针对整个流域采取措施，有时必要整个国度甚至国际之间的共同致力 。例如20世纪70至80年代，颁布了不容使用磷酸盐洗涤剂的划定，并对氮肥和磷肥进行了严格的限度 。然而，这类措施可能必要数年甚至数十年能力见效，由于过剩的营养物质往往在底泥中累积，持久为湖泊内部的物质循环供给营养物质(出格是磷) 。若是先前的富营养化已经使湖泊生态系统转造成了另一种不变的状态，那么生态系统的复原可能必要更长的功夫 。向湖泊中投加能与磷结合的粘土，再对沉积物进行清淤或封盖能够降低水体内部的磷负荷，从而有利于湖泊生态系统的复原 。但腐殖质和其他含氧阴离子的竞争吸附会使粘土与磷结合的成效较差 。此表，水面的风和底栖动物的活动易使沉积物沉新悬浮，营养物质随之进入水体 。因而，无论采取何种工程伎俩进行治理，若要持久有效地节造水华，降低营养物质的排放是必须采取的关键措施 。
水力步骤
对湖水进行人为混合能够抑造有浮力的蓝藻大量滋生，这种步骤相对昂贵但极度有效 。若是垂直方向的混合速度超过其上浮速度，蓝藻就很难再在气囊的作用下上浮，从而被硅藻和绿藻取代 。由于蓝藻水华的形成必要功夫，通过增长水流速度来缩短水力停顿功夫也有望成为节造缓滞河道和水库静水中水华的有效步骤 。
化学防治
化学处置能够迅速解除水华，但并不是一种长远的解决规划 。硫酸铜、敌草隆和其它除藻剂拥有环境悠久性，也对其他水生生物拥有毒害作用，因而不宜使用 。此表，化学处置睬使蓝藻细胞裂解并开释藻毒素，从而导致水质问题进一步恶化 。向水体投加低浓度的过氧化氢是一种极度有效的步骤，由于蓝藻比其他真核浮游植物对过氧化氢更敏感，可达到选择性解除蓝藻水华的主张;并且过量的过氧化氢可在几天内分化为水和氧气，不会对环境造成持久影响 。然而，在过氧化物隐没后，蓝藻会沉新滋生形成水华 。
生物防治
固然蓝藻有天敌，但生物防治并不单一 。利用病毒、病原菌或真菌抑造水华形成这一步骤值得关注，但这些拮抗微生物往往拥有宿主特异性，且不能对相应的抗性菌株起作用 。因而，病毒或真菌习染可导致蓝藻生物量骤减，但很难持久有效地防治水华形成 。
斑马纹贻贝(Dreissena polymorpha)等软体动物能滤去水中的浮游植物和其他悬浮颗粒，它们对蓝藻水华的影响仍在争论中 。
削减以浮游生物为食的鱼类和底栖鱼类数量，或者同时引入以鱼为食的鱼类将扭转食品网的结构，这种步骤已在几个浅水湖得到实际 。这种生物节造步骤旨在预防鱼类引起沉积物再悬浮，并增长大型浮游动物的丰度，节造浮游植物的生物量，从而使水的通明度的增长，成群的沉水植物充分利用水底的营养物质，进一步抑造沉积物再悬浮，将湖水转变为干净的状态 。这种步骤的前期成效极度可观 。然而，有的水域内部营养物质含量极高，也有的水域持续有表部营养物质进入，不出几年，这些水域中的浮游植物又将大量滋生形成水华 。因而，只有节造营养物质进入水体或不休削减特定鱼类的数量，这种措施能力持久有效 。
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